Η γνωστή και μη εξαιρετέα παλιοπαρέα του Ζωολογικού Κήπου, που λατρεύουν μικροί και μεγάλοι, αγωνίζεται και σε αυτήν την ταινία, προκειμένου να φτάσει… (πού αλλού;) στη Νέα Υόρκη! Ο Άλεξ το λιοντάρι, ο Μάρτι η ζέβρα, ο Μέλμαν η καμηλοπάρδαλη και η Γκλόρια ο ιπποπόταμος ακόμα προσπαθούν να επιστρέψουν στο σπίτι τους και φυσικά, από την τρίτη αυτή απόπειρά τους, δεν θα μπορούσαν να λείπουν τα λεμούρια, ο Βασιλιάς Τζούλιαν, ο Μορίς και οι ανεκδιήγητοι, αλλά τρισχαριτωμένοι, τζέιμς μποντικού ύφους Πιγκουίνοι! Έτσι, όλοι μαζί ταξιδεύουν ανά την Ευρώπη, έχοντας βρει και την τέλεια κάλυψη, ένα τσίρκο σε περιοδεία το οποίο, μάλιστα, οι φίλοι μας φτιάχνουν στα μέτρα τους, δηλαδή σε στιλ Μαδαγασκάρης! Στο κατόπι τους βρίσκεται η δαιμόνια αστυνομικός Σαντέλ Ντι Μπουά που τους καταδιώκει, ελπίζοντας να εμπλουτίσει τη συλλογή της και με ένα κεφάλι λιονταριού!