تشخیص و درمان بیماران با مشکلات مجاری صفراوی می‌تواند بسیار چالش برانگیز باشد. در صورت تشخیص التهاب کیسه صفرا (Choledocholithiasis) در حین کوله‌سیستکتومی لاپاروسکوپیک (Cholecystectomy) و کولانژیوگرافی (Cholangiography)، معاینه مجرای صفراوی مشترک (Common Bile Duct Exploration) انجام می‌شود. تشخیص سنگ‌های مجرای صفرا قبل از انجام جراحی دشوار است اما بروز این شرایط تنها بین 10 درصد تا 12 درصد از تمام بیمارانی است که تحت عمل کوله‌سیستکتومی قرار می‌گیرند. سونوگرافی نیز قبل از عمل تنها می‌تواند 24 درصد از موارد وجود این نوع سنگ‌ها را تشخیص دهد و آزمایش سروم کبدی تنها بین 35-30 درصد موارد را می‌تواند مشخص کند.
در مقایسه با روش‌های تشخیصی رادیولوژیک، استفاده از یک آندوسکوپ انعطاف‌پذیر برای نمایش مستقیم دستگاه گوارش، امکان تشخیص بهتری را فراهم می‌آورد. از طرفی این روش در درمان بیماری‌های مسیر روده-معده نیز می‌تواند مورد استفاده قرار گیرد. به کارگیری تکنولوژی نامبرده در بیماری‌های مجاری صفرا، با استفاده از یک کولدوکوسکوپ به پزشکان این امکان را می‌دهد که تومور مسیر صفرا، باریک شدن آن و وجود سنگ‌ها را تشخیص داده و همچنین در برداشتن سنگ‌های مجرای صفرا مؤثر باشد. قابلیت مانور ابزار آندوسکوپی به انعطاف‌پذیری سر آن وابسته بوده و از ابزاری به ابزار دیگر متفاوت است.