شایع ترین علت انسداد مجرای صفراوی، سنگ های صفراوی است. معمولا یک‌یا چند سنگ‌ در این مجرای باریک، گیر افتاده و آن را مسدود می‌کنند و موجب بروز درد های دوره ای در قسمت فوقانی شکم می‌شوند. تب های قله ای همراه با لرز و زردی پوست و چشم ها (یرقان) می‌تواند نشانه انسداد شدید (حاد) مجرای صفراوی باشد. انسداد مجرای صفراوی مشترک در محلی که به مجرای لوزالمعده می‌پیوندد باعث التهاب لوزالمعده (پانکراتیت) می‌شود.