سازمان پدافند غیرعامل کشور اگرچه زیرمجموعه ستاد کل نیروهای مسلح تعریف می شود. اما حوزه عملکرد آن فراگیر است و کلیه دستگاه های اجرایی، نهادها و سازمان های عمومی و غیردولتی و همچنین زیرساخت های کشور را در بر می‌گیرد. پس برای تعامل بهتر با دستگاه های اجرایی متناسب با ویژگی های دستگاه ها، معاونت های متناظری پیش بینی و سازماندهی شده است. همچنین این سازمان برای پاسخگویی به انواع تهدیدات احتمالی، قرارگاه های تخصصی را با موضوعات خاص تشکیل داده است که بر روی بررسی دائمی تهدیدات انسان ساخت و ایجاد آمادگی لازم برای مقابله با آنها تمرکز دارند. این قرارگاهها عبارتند از قرارگاه پدافند اقتصادی برای دفاع و محافظت از مردم در برابر تحریم ها و تهدیدهای اقتصادی، قرارگاه پدافند سایبری برای دفاع از فضای سایبری و زیر ساخت های کشور در برابر تهدیدات سایبری، قرارگاه پدافند زیستی برای دفاع در برابر تهدیدات زیستی و ممانعت از انتقال آلودگی های ساختگی به مردم، محصولات کشاورزی و دامی، مواد غذایی و دارویی، منابع آب، محیط زیست و منابع طبیعی، قرارگاه پدافند شیمیایی برای دفاع و محافظت از مردم و کنترل و کاهش پیامدهای ناشی از هرگونه نشر شیمیایی صنعتی و تهدیدات شیمیایی دشمن، قرارگاه پدافند پرتوی برای دفاع و محافظت از مردم و کنترل و کاهش پیامدهای ناشی از هرگونه نشت هسته ‌ای و حوادث پرتوی، قرارگاه پدافند کالبدی برای مصون‌سازی، مستحکم سازی، پایدارسازی و حفاظت از زیرساخت های کشور با اعمال ملاحظات فنی و مهندسی در طرح ها و پروژه های کشور و قرارگاه پدافند مردم محور با شعار مردم یاری، مردم بانی و مردم داری برای حفاظت از مردم در برابر حوادث و تهدیدات و همچنین ایجاد آمادگی برای مقابله با تهدیداتی که مردم را مورد هدف قرار می‌دهد.
اگر مدیران کشور اهمیت این مسئله را درک نکنند و پدافند غیرعامل به طور شایسته توسعه پیدا نکند، کشور در معرض تهدیدهای بعضاً غیرقابل جبران قرار خواهد گرفت. (رهبر عزیز انقلاب - 6 آبان1397)