«خداوند لک لک ها را دوست دارد» درباره مهاجرت لک لک ها به یک روستا در کشورمان و ماجراهای پیش آمده میان لک لک ها و اهالی روستاست. اتفاقاتی که هر کدام در یک قسمت رخ می دهند و داستان مجزایی دارند و برخی از آنها در طول داستان به عنوان بستر اصلی رخدادها تا پایان سریال جریان دارند. پس از ورود دسته لک لک های مهاجر به روستا و استقبال روستاییان، آنها در بام های خانه های روستاییان سکنی می گزینند اما شیطنت یکی از بچه های روستا که نقش منفی سریال را دارد باعث شروع اتفاقات می شود و با سرقت تخم های این لک لک و حمله او به یکی از روستاییان و شلیک گلوله به لک لک، زخمی اش می کند و لک لک از نگهداری فرزندان خویش ناتوان می ماند، اینها در شرایطی است که دسته لک لک ها به سرزمین های اصلی خود بازگشته اند و او تنها مانده است اما دلسوزی دو نفر از نوجوانان مهربان روستا باعث می شود تا تخم های او که به جوجه تبدیل شده اند سالم بماند و با وجود ریزش بهمن و خطرات زیاد به فرزندان خویش برسد. در این وقایع، رقابت میان دسته لک لک ها برای تصاحب ریاست دسته، ورود شکارچی ها، شیطنت بچه ها، شخصیت راهنمای جغد پیر و سیرک شهر همگی در اندازه های داستان اصلی ظاهر می شوند و وقایع و هیجان هر قسمت را رقم می زنند و در همه این ماجرا ها مهربانی و دلسوزی بچه ها و همراهی بزرگترهای روستا مثل کدخدا و والدین باعث موفقیت آنها در قسمت های مختلف و شکست دشمنان آنها چون شکارچی ها و ملخ ها می شود.