در کنار مزایایی که در بالا برای دستگاه حضور و غیاب کارتی ذکر کردیم؛ بد نیست معایب این دستگاه حضور و غیاب را نیز با هم بررسی کنیم تا بتوانیم با دید بازتری خرید خود را انجام دهیم و انتخاب مناسبی داشته باشیم.
از جمله مهم‌ترین معایب این دستگاه‌ها این است که امکان تقلب کردن در آن بسیار بالاست.
زیرا زمانی که مدیر در یک سازمان حضور فیزیکی نداشته باشد، کارمند متقلب، کارت خود را به همکارش می‌دهد تا به جای او ساعت خروجش را ثبت کند و خودش زودتر از سازمان خارج می‌شود.
در این شرایط اگر مدیر در سازمان حضور نداشته باشد، کسی متوجه غیبت کارمند نمی‌شود و این اتفاق ممکن است بارها و بارها رخ دهد.
یکی از مهم‌ترین دلایلی که مدیران به استفاده از دستگاه‌های حضور و غیاب پیشرفته‌تر مانند دستگاه‌های حضور و غیاب اثرانگشتی و تشخیص چهره و تشخیص عنبیه روی آورده‌اند، این است که جلوی این تقلب کارمندان را بگیرند.
همچنین در این دستگاه احتمال این که کارمند کارت عبوری را فراموش یا گم کند بسیار زیاد است. این موضوع یکی از بزرگترین معایب دستگاه حضور و غیاب کارتی محسوب می‌شود زیرا حمل کارت خود مشکل بزرگی است و گم کردن آن نیز معضلی است بزرگتر!
در کل دستگاه‌های حضور و غیاب به سمتی سوق پیدا کرده‌اند که با درگیر کردن ویژگی‌های بیولوژیکی هر فرد، دخالت عوامل فیزیکی را به حداقل برسانند تا از رخ دادن اتفاقاتی نظیر گم شدن یا جا گذاشتن کلید عبور، جلوگیری کنند.