امام علی النقی الهادی (ع) در سال 220 ه - ق در مدینه به امامت رسیدند. آن حضرت 13 سال اول امامت خود را در آن شهر سپری نمود و ضمن بهره‌رسانی معنوی و علمی به شیعیان، به امور آّنان رسیدگی می‌کردند تا این که متوکل که در دشمنی با ائمه اطهار مشهور بود؛ به خاطر هراسی که از نفوذ و محبوبیت امام در جامعه داشت ایشان را از مدینه به سامرا فراخواند زیرا احساس می‌کرد که باید امام را از نزدیک تحت نظر بگیرد. پس از آمدن امام به سامرا، اگرچه ایشان ظاهرا آزاد بود اما «متوکل» منزلشان را طوری انتخاب کرده بود که همواره تحت نظر باشند. او به طور مرتب دستور تفتیش منزل ایشان را صادر می‌کرد و تمام دیدارها و رفت و آمدها توسط نیروهای حکومتی کنترل می شد .
او جو بسیار خفقان آمیزی را بر جامعه حکمفرما کرده بود و سختگیری و فشار زیادی را بر شیعیان اعمال می‌کرد: او علویان را در محاصره اقتصادی قرار داده بود. به شاعران درباری مال فراوانی می‌داد تا در اشعار خود به ائمه بی احترامی کنند. او اکثر سادات جلیل القدر آن زمان را دستگیر و زندانی کرده بود. از هولناکترین اقدامات او در دوره حکومتش، انهدام و تخریب مرقد امام حسین (ع) بود. اوضاع معیشتی مردم و به خصوص علویان در زمان خلفای عباسی به خصوص متوکل و بقیه ی خلفای هم عصر امام هادی (ع) بسیار دشوار بود زیرا آنان بیت المال مسلمین را صرف خوشگذرانی‌هایی می‌کردند که به گواهی تاریخ، هزینه های مربوط به آ نها بی‌سابقه بوده است .
آن حضرت در شهر سامرا به شهادت رسیدند و در مورد شهادت ایشان و قاتل آن حضرت اختلاف است، برخی معتمد عباسی را قاتل آن حضرت می‌دانند (یعنی این واقعه در زمان خلافت معتمد رخ داده است) و به عقیده برخی دیگر معتز عباسی، فرمان قتل آن بزرگوار را صادر و معتمد آن را اجرا کرد. (یعنی این واقعه در زمان خلافت معتز روی داده است . )