کولدوکوسکوپ از چندین روش می‌تواند وارد مجرای صفرا شود اما پُر کاربردترین روش، در حین لاپاروسکوپی و یا جستجوی باز ،مجرای صفراوی اصلی (کلدوک) انجام می‌پذیرد. در این شرایط آندوسکوپ به صورت غیر مستقیم از طریق مجرای سیستیک وارد مجاری صفراوی خارج کبدی (کلدوک) شده و یا مستقیماً از طریق کلدوکوتومی وارد مجرای صفرا می‌شود. از این طریق نواحی پروگزیمال و دیستال (بالا و پایین) مجرای صفرا قابل مشاهده هستند و به علاوه در صورت نیاز می‌توان کولدوکوسکوپ را از داخل پاپیلا به دوازدهه وارد کرد.