امام محمدباقر (علیه‌السّلام) کنیه‌اشان «ابوجعفر» است. مادر گرامی‌شان «ام عبدالله» دختر امام حسن مجتبی (علیه‌السّلام) است و از این جهت، نخستین کسی بودند که هم از نظر پدر و هم از نظر مادر فاطمی و علوی بوده است.
القاب شریف ایشان، عبارتند از: باقر، شاکر و هادی که مشهورترین آنها، «باقر» است. درباره اینکه چگونه آن حضرت، بدین لقب، مشهور شد، باید گفت که رسول اکرم (ص) آن جناب را بدان لقب، ملقب فرمودند. جابر بن عبدالله انصاری می‌گوید که پیامبر خاتم(ص) به من فرمودند: «ای جابر! امید است که تو در دنیا بمانی تا ملاقات کنی فرزندی از اولاد حسین(ع) را که او را محمد می‌نامند. او می‌شکافد علم دین را؛ شکافتنی (یبقر علم الدین بقرا)، پس هرگاه او را ملاقات کردی، سلام مرا به او برسان.