کنترل انبار یا همان انبارگردانی از مهم ترین امور مدیریت یک انبار است. که این امر بر سود و زیان یک کسب و کار بسیار تاثیر گذار است. در انبارگردانی، موجودی واقعی کالاها شمارش و سپس با موجودی ثبت‌شده در سیستم نرم‌افزاری مطابقت داده می‌شود. در صورت نیاز اصلاح موجودی انبار انجام خواهد شد. کنترل انبار می بایست حداقل سالی یکبار انجام شود.